Biosférická rezervace Dolní Morava, obecně prospěšná společnost, byla založena v srpnu 2004 těmito subjekty:

Lesy České republiky, s.p.
Ministerstvo životního prostředí
MND, a.s.
Český svaz ochránců přírody
Okresní hospodářská komora Břeclav

V roce 2012 se Ministerstvo životního prostředí ČR z vlastních systémových a organizačních důvodů vzdalo funkce zakladatele i svých pozic v orgánech společnosti a další spolupráce proto probíhá pouze na úrovni partnerství .

V roce 2022 se z rozhodnutí Sněmu ČSOP tato organizace rozhodla ukočit působení ve funkci zakladatele BR Dolní Morava, o.p.s.

Orgány společnosti jsou správní rada, dozorčí rada a ředitel. Složení orgánů je založeno na co nejširší participaci všech dotčených subjektů v biosférické rezervaci.

Statutárním zástupcem společnosti je ředitel.

Správní rada:

Správní rada je devítičlenným řídícím orgánem biosférické rezervace, v němž kromě zástupců zakladatelů rozhodují i tři zástupci obcí regionů na jejichž území se BR nachází, zástupce agrární komory a zástupce Mendelovy univerzity v Brně, která zároveň působí jako hlavní vědecký poradní subjekt BR.

Stálí hosté správní rady:

Jednomyslným rozhodnutím všech členů správní rady je od roku 2012 jejím stálým hostem pan Stanislav Koukal, ředitel regionálního pracoviště Jižní Morava AOPK ČR a od roku 2022 také pan Libor Opluštil, předseda ZO ČSOP Břeclav.

Dozorčí rada:

Dozorčí rada je šestičlenným kontrolním orgánem společnosti. Její členy tvoří zástupci zakladatelů, společný zástupce obcí tří regionů na jejichž území se BR nachází a zástupce Mendelovy univerzity.