Národní přírodní rezervace má nejpřísnější ochranný režim z maloplošných zvláště chráněných území. Poskytuje ochranu jedinečným přírodním ekosystémům národního až mezinárodního významu, vázaným na přirozený reliéf a typickou geologickou stavbu. Cílem ochrany je uchování nebo zlepšení stavu těchto ekosystémů a procesů v nich probíhajících. Základní ochranné podmínky jsou stanoveny zákonem a zakazují všechny činnosti, které by mohly negativně ovlivnit přírodní vývoj. Hospodářské využívání je vyloučeno s výjimkou činností, které udržují stabilitu jednotlivých ekosystémů. NPR zřizuje vyhláška Ministerstvo životního prostředí. Na území biosférické rezervace se nachází celkem 7 Národních přírodních rezervací:

• Děvín – skalní, stepní a lesní ekosystémy na vápenci, významná geologická lokalita.
• Křivé jezero – zachovaná část nivy Dyje a význačné hnízdiště ptactva
• Lanžhotské pralesy – historické hospodářské lužní lesy, louky, bývalé pastviny a vodní ekosystémy
• Lednické rybníky – významná ornitologická lokalita a historická rybniční soustava
• Slanisko u Nesytu – slanisté louky se zbytky slanomilné vegetace
• Tabulová – stepní teplomilná flóra a fauna na vápencovém podkladu