Prostřednictvím přírodních památek jsou chráněny části ekosystémů, geologické útvary nebo výskyt vzácných druhů organizmů, regionálního významu. V Biosférické rezervaci Dolní Morava je vyhlášeno 6 Přírodních památek:

• Kočičí skála – izolovaná vápencová skalka obklopená zemědělskými pozemky
• Kienberg – stepní lada s teplomilnými druhy a významná paleontologická lokalita
• Růžový kopec – pozůstatky luční stepi a stepních lad v okolní zemědělské krajině
• Anenský vrch – stepní lada s křovinami v okolní zemědělské krajině
• Jezírko Kutnar – lužní tůňka s jedinečnými společenstvy sinic a řas
• Květné jezero – lužní tůň s fragmenty lužního lesa