Přírodní památka (PP) – tato kategorie, v ČR co do počtu nejobsáhlejší, je obdobou národní přírodní památky, avšak pouze s regionálním významem. Jejím prostřednictvím jsou chráněny části ekosystémů, geologické útvary nebo lokality s výskytem vzácných druhů organismů. Podobně jako u přírodních rezervací zřizuje její ochranu příslušný krajský úřad a správa CHKO.

• Anenský vrch – stepní lada s křovinami v okolní zemědělské krajině
• Betlém – bažina a aluvium řeky Jihlavy a hrúd lužního lesa
• Dolní mušovský luh – zbytky lužního lesa na jižní Moravě
• Jezírko Kutnar – lužní tůňka s jedinečnými společenstvy sinic a řas
• Kamenice u Hlohovce – bývalý vápencový kamenolom s xerotermními rostlinnými společenstvy
• Kameníky – zrušená pastvina se suchými stepními trávníky a křovinami
• Kienberg – stepní lada s teplomilnými druhy a významná paleontologická lokalita
• Kostická čista – komplex vlhkých luk, mokřadů vázaných na mrtvá ramena, tůně a vodní kanály
• Kočičí kámen – stepní teplomilná flóra a fauna na vápencovém podkladu
• Kočičí skála – izolovaná vápencová skalka obklopená zemědělskými pozemky
• Květné jezero – lužní tůň s fragmenty lužního lesa
• Lange Wart – rostlinná společenstva suchých trávníků s výskytem zvláště chráněných druhů
• Lom Janičův vrch – zatopený vápencový lom se skalními, vodními a mokřadními společenstvy
• Na cvičišti – bývalé vojenské cvičiště se širokolistými suchými trávníky v mozaice s křovinami
• Paví kopec – polopřirozené suché trávníky, křoviny a subpanonské stepní trávníky
• Růžový kopec – pozůstatky luční stepi a stepních lad v okolní zemědělské krajině
• Saufang – lužní les, kontinentální zaplavované louky, solitérní stromy, mokřady
• Skalky u Sedlece – pastvina s polopřirozenými suchými trávníky a subpanonskými stepními trávníky
• Slanisko Dobré Pole – vnitrozemská slaná louka s výskytem chráněných rostlin a živočichů
• Slanisko Novosedly – vnitrozemská slaná louka s výskytem chráněných rostlin a živočichů
• Studánkový vrch – polopřirozené suché trávníky a xerofilní křoviny
• Týnecké fleky – lužní les, kontinentální zaplavované louky, solitérní stromy, mokřady