Složení orgánů je založeno na co nejširší participaci všech dotčených subjektů v biosférické rezervaci a obsahuje:

• Správní rada – devítičlenný řídící orgán, v němž kromě zástupců zakladatelů rozhodují i tři zástupci obcí regionů na jejichž území se biosférická rezervace nachází, zástupce agrární komory a zástupce Mendelovy univerzity v Brně, působí jako hlavní vědecký poradní subjekt.
• Dozorčí rada – šestičlenný kontrolní orgán společnosti, který tvoří zástupci zakladatelů, společný zástupce obcí tří regionů na jejichž území se biosférická rezervace nachází a zástupce Mendelovy univerzity.
• Ředitel – statutární zástupce společnosti.