Národní přírodní rezervace je nejpřísnější z maloplošných zvláště chráněných území. Poskytuje ochranu jedinečným přírodním ekosystémům národního až mezinárodního významu, vázaným na přirozený reliéf a typickou geologickou stavbu. V území biosférické rezervace se nachází celkem 7 Národních přírodních rezervací:

• Lednické rybníky – významná ornitologická lokalita a historická rybniční soustava,
• Cahnov – Soutok – zbytky původního lužního lesa, ponechané samovolnému vývoji
• Ranšpurk – fragment starého lužního lesa, ponechaný samovolnému vývoji
• Děvín-Kotel-Soutěska – skalní, stepní a lesní ekosystémy na vápenci, významná geologická lokalita.
• Křivé jezero – zachovaná část nivy Dyje a význačné hnízdiště ptactva.
• Slanisko u Nesytu – slanisté louky se zbytky slanomilné vegetace
• Tabulová, Růžový vrch a Kočičí kámen – stepní teplomilná flóra a fauna na vápencovém podkladu