V roce 2012 se Ministerstvo životního prostředí ČR z vlastních systémových a organizačních důvodů vzdalo funkce zakladatele i svých pozic v orgánech společnosti a další spolupráce proto probíhá pouze na úrovni partnerství. Od roku 2022 není zakladatelem dále Český svaz ochránců přírody, a to z rozhodnutí Sněmu ČSOP.
