Přírodní rezervace je určena k ochraně pouze regionálně nebo lokálně význačných ekosystémů. V území biosférické rezervace nalezneme 8 Přírodních rezervací:

• Liščí vrch – stepní společenstva v zemědělské krajině
• Milovická stráň – lesní ekosystémy teplomilných doubrav a stepní společenstva
• Svatý kopeček – skalní a stepní ekosystémy na vápenci
• Šibeničník – vápencový útes se skalní a luční stepí
• Turold – významná geologická, stepní a skalní lokalita s jeskyněmi
• Františkův rybník – rybník s rákosinami a teplomilnými trávníky na písku
• Skařiny – významná lesní ptačí a mykologická lokalita
• Stiburkovská jezera – lužní louky a mrtvá ramena řeky Moravy