Natura 2000 je soustavou lokalit chránících na území Evropské unie ohrožené druhy a přírodní stanoviště. Její součástí jsou tzv. Ptačí oblasti a Evropsky významné lokality. Cílem Natury 2000 je mimo jiné, také vytvoření souladu mezi zájmy ochrany přírody a hospodařením v příslušných lokalitách. Na území Dolnomoravského biosférického regionu se nacházejí tři Ptačí oblasti (Pálava, Lednické rybníky a Soutok – Tvrdonicko) a 27 Evropsky významných lokalit (Bezručova alej, Břeclav – kaple u nádraží, Drnholecký luh, Dunajovické kopce, Děvín, Jevišovka, Kameníky, Klentnice – kostel sv. Jiří, Lednické rybníky, Lednice – zámek, Milovický les, Mušovský luh, Niva Dyje, Paví kopec, Pokran, Rendezvous, Rybniční zámeček, Skalky u Sedlece, Slanisko Dobré Pole, Slanisko Novosedly, Slanisko u Nesytu, Soutok – Podluží, Stolová hora, Studánkový vrch, Svatý kopeček u Mikulova, Turold, Úvalský rybník). Plocha Naturových území pokrývá zhruba 230 km2, což je přibližně 41 % celkového území biosférické rezervace, přičemž některé lokality jsou překryty oběma kategoriemi. (www.natura2000.cz).