Natura 2000 je soustavou lokalit chránících na území Evropské unie nejvíce ohrožené druhy rostlin, živočichů a přírodní stanoviště (např. rašeliniště, skalní stepi nebo horské smrčiny apod.). Její součástí jsou tzv. ptačí oblasti a evropsky významné lokality. Na území Biosférické rezervace Dolní Morava se nacházejí ptačí oblasti: Pálava, Lednické rybníky a Soutok-Tvrdonicko. V území je celkem 17 evropsky významných lokalit: Bezručova alej, Děvín, Klentnice-kostel sv. Jiří, Lednice-zámek, Milovický les, Niva Dyje, Paví kopec, Rendezvous, Rybniční zámeček, Skalky u Sedlece, Slanisko u Nesytu, Soutok-Podluží, Stolová hora, Studánkový vrch, Svatý kopeček u Mikulova, Turold a Úvalský rybník.