V území biosférické rezervace se nachází mokřad zahrnutý do Ramsarské úmluvy pod názvem Lednické rybníky, rozkládající se na ploše 650 ha. Zapsán byl v roce 1990 a tvoří ho lesní rybníčky s názvem Allahy, Slanisko u největšího moravského rybníka Nesyt a zejména soustava rybníků: Mlýnský, Prostřední, Hlohovecký, Nesyt a Zámecký. Lokality mají mezinárodní ornitologický význam. Jsou místem výskytu některých zvláště chráněných druhů ptáků a důležitou zastávkou tažných ptáků. Kromě rozsáhlých porostů rákosu a orobinců se zde nacházejí význačné druhy vodních a slanomilných rostlin a specifická společenstva periodicky obnažovaných břehů.

Mokřady Dolního Podyjí se rozkládá na 11 500 hektarech a byl vyhlášen v roce 1993. Jedná se o charakteristické zbytky lužních lesů a luk, řadou trvalých i periodických tůní, slepých ramen a kanálů. Součástí je střední a dolní nádrž vodního díla Nové Mlýny, které je jedním z nejvýznamnějších hnízdišť některých vodních ptáků v ČR a významná tahová zastávka a zimoviště migrujících ptáků, zejména hus. Přestože bylo celé toto území v minulosti na řadě míst silně poznamenáno vodohospodářskými úpravami a přeměnou lučních porostů na ornou půdu, zachovalo se zde ještě několik lokalit s jedinečnými společenstvy korýšů, hmyzu, obojživelníků, plazů i ptáků, ale také význačné druhy rostlin.