Přírodní rezervace je určena k ochraně pouze regionálně nebo lokálně význačných ekosystémů. Má stanoveny obdobné základní ochranné podmínky jako národní přírodní rezervace a vyhlašuje ji obecně závazným předpisem příslušný krajský úřad a správa CHKO. V území biosférické rezervace nalezneme 8 Přírodních rezervací:

• Františkův rybník – rybník s rákosinami a teplomilnými trávníky na písku
• Liščí vrch – stepní společenstva v zemědělské krajině
• Milovická stráň – lesní ekosystémy teplomilných doubrav a stepní společenstva
• Skařiny – významná lesní ptačí a mykologická lokalita
• Stiburkovská jezera – lužní louky a mrtvá ramena řeky Moravy
• Svatý kopeček – skalní a stepní ekosystémy na vápenci
• Šibeničník – vápencový útes se skalní a luční stepí
• Turold – významná geologická, stepní a skalní lokalita s jeskyněmi